Zarodkowe komórki macierzyste pochodzą z niezróżnicowanych komórek zarodka. Komórki te są pluripotencjalne – to znaczy, że mogą wytworzyć niemal każdy rodzaj komórki lub tkanki. Dzięki temu stanowią cenne narzędzie w badaniach nad powstawaniem tkanek i narządów oraz w modelowaniu chorób genetycznych. Naukowcy badają także, czy zarodkowe komórki macierzyste można wykorzystać w terapii komórkowej lub genowo-komórkowej w leczeniu chorób genetycznych i zwyrodnieniowych. Użycie ludzkich zarodkowych komórek macierzystych w badaniach naukowych często budzi kontrowersje, naukowcy opracowują więc inne metody pozyskiwania pluripotencjalnych komórek macierzystych.